阵发性睡眠性血红蛋白尿（PNH）的病因主要是造血干细胞上磷脂酰肌醇聚糖 A（PIG - A）基因发生体细胞突变。具体如下：
- 基因突变：PIG - A 基因位于 X 染色体上，其编码蛋白产物是糖基转移酶，是合成糖磷脂酰肌醇（GPI）锚所必需的。PIG - A 基因突变后，造血干细胞及其所有子代细胞（如红细胞、粒细胞、单核细胞、淋巴细胞及血小板）GPI 锚合成障碍，使得需要通过 GPI 锚才能连接在细胞膜上的多种功能蛋白缺失。
- 溶血机制：补体调节蛋白 CD55（衰变加速因子）和 CD59（反应性溶血膜抑制因子）属于锚链蛋白。红细胞膜缺乏 CD55 和 CD59，就无法有效抑制补体 C3 转化酶的形成和阻止液相的补体 C9 转变成膜攻击复合物，导致红细胞对补体异常敏感，在补体激活后容易被破坏，发生血管内溶血，这是 PNH 发生血管内溶血的基础。
- 其他因素：PNH 具有血栓形成倾向，机制尚未明确，可能与血小板被补体激活、溶血造成的促凝物质增加、纤维蛋白生成及溶解活性异常等因素有关。PIG - A 基因突变与 PNH 骨髓衰竭之间的关系尚不清楚，可能与对造血干细胞的免疫攻击有关。
阵发性睡眠性血红蛋白尿是一种后天获得性疾病，没有先天发病的报道，也没有家族聚集倾向，致病因素可能有化学性、放射性或病毒感染等。
