肠道病毒所致各系统感染的危害是比较大的，以下是具体分析：
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神经系统
- 无菌性脑膜炎：患者会出现发热、头痛、呕吐、腹痛、咽痛、畏光等症状，小婴儿大多无神经系统症状，但较大儿童则可能出现脑膜刺激征，如颈项强直等。一般病程为5～10天，大多可自行恢复，但有时可见暂时性肌力衰退，体力恢复较慢，成人患者脑膜刺激征可持续数周甚至数月。
- 脑炎：临床表现与乙脑相似，可有发热、神志障碍、惊厥、昏迷、平衡失调等，常伴脑电图异常。柯萨奇B组病毒可在新生儿及婴儿中引起广泛性脑炎，常伴心肌炎和肝炎，病情多重危，起病急，频发惊厥，易发生呼吸衰竭，严重病例可致死。
- 瘫痪性疾病：临床上以肢体软瘫为主，一般症状轻，恢复快，极少留下后遗症，但大流行中也可遇到重症引起延髓麻痹者。
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心脏系统
- 急性心功能衰竭：多见于新生儿，成人也可发生。起病突然，有阵咳、面色苍白、发绀及呼吸困难等症状，迅速出现心衰，心音低钝，心率增快、肝脏急剧增大，伴肺水肿，心电图呈低电压，心动过速，T波倒置和ST段低平等。
- 心律失常：临床表现以过早搏动、心动过速或各类传导阻滞为主，心电图检查有助确诊。轻者恢复快，但也可持续数月不愈，甚至反复发作达数年之久。
- 猝死：常在夜间发生，尸检证实为心肌缺血梗死或广泛心肌坏死，可在心肌细胞内找到肠道病毒抗原。
- 慢性心肌病：由柯萨奇B组病毒引起的亚急性或慢性心脏病变，涉及心脏传导系统、心内膜、心瓣膜或心包膜，造成弹力纤维增生症、慢性心肌病、狭窄性心包炎等。胎儿期感染可导致先天性心脏病，如先天性钙化性全心炎等。
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肌肉骨骼系统
- 流行性肌痛或称流行性胸痛：常发生局部地区爆发流行，多见于年长儿童和青壮年。主要表现为发热和阵发性肌痛，可累及全身各肌肉，而以腹部最多见，尤以膈肌最易受累。肌痛轻重不一，重者甚至可引起休克，儿童较轻，肌肉活动时肌痛加剧。
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消化系统
- 疱疹性咽峡炎：主要由柯萨奇A组病毒所引起，表现为发热、咽痛，吞咽时咽痛更突出，咽部充血，在咽部、上颚、悬雍垂或扁桃体上可见散在灰白色疱疹，疱疹溃破形成黄色溃疡，一般4～6日后自愈。
- 手足口病：潜伏期2～5日，初起症状为低热，流鼻涕、厌食、口腔黏膜出现小疱疹，不久疱疹溃破即成溃疡，同时皮肤可出现斑丘疹，很快转为小疱疹，以手足为多，常位于手背、指间，偶见于上臂、大腿、臀部和躯干，呈离心分布。小疱疹散在，较水痘疱疹为小，直径约3～7mm，疱壁厚质稍硬，由几个至数十个，2～3日内自行逐渐吸收消退，不留痂。
- 婴儿腹泻：由肠道病毒引起的小儿腹泻临床表现与其他病毒性腹泻症状相似。
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呼吸系统
- 肠道病毒常引起上呼吸道感染，如柯萨奇病毒A21、24及B2～5型都曾引起轻型呼吸道感染的流行，A21大多在军人群中引起。
肠道病毒所致各系统感染危害较大，从神经系统到心脏系统、肌肉骨骼系统、消化系统以及呼吸系统等均可受累，且部分疾病病情凶险，因此需高度重视肠道病毒感染的预防与治疗工作。
