真菌性肠炎通常是可以根治的，但能否根治取决于多种因素：
- 病情严重程度：轻度的真菌性肠炎，症状相对较轻，肠道黏膜受损范围较小，通过及时、规范的治疗，真菌容易被清除，肠道功能也较易恢复，通常比较容易治愈。而重度的真菌性肠炎，可能会出现肠道出血、穿孔等并发症，甚至会危及生命，治疗难度较大，可能需要更长时间的治疗，部分患者难以完全治愈。
- 治疗是否及时：及时治疗对于控制病情至关重要。如果在疾病早期就得到诊断并开始治疗，真菌尚未大量繁殖或造成严重的肠道损害，此时进行抗真菌治疗和对症支持治疗，能有效控制病情，避免疾病加重，提高治愈率。若未能及时治疗，病情可能会逐渐恶化，治疗难度也会相应增加。
- 患者的身体状况：患者的身体状况和免疫力对治疗效果有重要影响。身体状况较好、免疫力较强的患者，自身的免疫系统能够更好地协同药物对抗真菌，有助于病情的恢复，治疗效果可能会更好。而身体状况较差、免疫力较低的患者，如患有糖尿病、艾滋病等基础疾病，或长期使用免疫抑制剂、激素等药物，其免疫功能受到抑制，对抗真菌的能力较弱，治疗难度可能会增加，且真菌性肠炎可能会反复发作，难以彻底治愈。
一般来说，通过合理、规范的治疗，大多数真菌性肠炎患者可以达到治愈。治疗方法包括去除诱发因素，如及时停用广谱抗生素和激素等；针对病原菌进行抗真菌治疗，常用药物有制霉菌素、氟康唑、伊曲康唑等；同时积极治疗原发病和基础疾病，加强护理和营养，补充维生素及微量元素，纠正电解质紊乱及酸碱失衡，必要时进行手术治疗。患者应严格遵医嘱按时、足量使用药物，不能自行增减药量或停药，并注意调整饮食习惯，保持良好的生活方式，以促进疾病康复。
