汇算清缴期结束后取得发票，企业可以采取以下几种方式进行处理：
1. 追补扣除
如果企业在汇算清缴结束后才取得合规发票，可以进行追补扣除。具体操作如下：
- 追补年限：追补扣除的年限不能超过五年。
- 更正申报：企业需要按照权责发生制，将费用追补到扣除费用所属年度去更正申报，调整应纳税额，办理相关的退税。
- 会计处理：如果企业由于没有取得发票，这笔费用没入账，即使取得合规发票以后，税务上可以进行追补扣除，但是会计上只能通过以前年度损益调整来调整未分配利润进行核算。
2. 六十天的补救期限
如果企业在汇算清缴结束后被税务机关发现未取得合规凭证进行税前扣除，有一个补救措施：
- 补开、换开合规发票：企业需要在自税务机关告知之日起六十天内补开、换开合规的税前扣除凭证。
- 税前扣除：如果在六十天内能够取得合规的票据，相关费用支出就可以在税前扣除。
- 补税和滞纳金：如果在规定的六十天内没有补开相关发票，去年的费用不能税前扣除，需要调增补税，并会产生相关的滞纳金，同时不能再享受五年的追补扣除优惠政策。
3. 会计处理
- 以前年度损益调整：如果发票金额与暂估入账金额有差异，需要进行调整。差异金额不大的，先红字冲销暂估入账的会计分录，然后按照发票金额重新做一遍正确金额的成本费用会计分录。如果差异金额较大，需要通过“以前年度损益调整”科目，调整以前年度的损益以及留存收益等。
- 税务处理：如果企业因为收到发票而在汇算清缴时已经做了纳税调增的，在汇算清缴后才实际收到发票的，可以按规定进行追补扣除，应做专项申报，然后申请退税或抵税等。
4. 特殊情况
- 无法补开、换开合规发票：如果因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证的，企业在以后年度凭相关资料证实支出真实性后，相应支出也可以追补至该支出发生年度扣除，追补扣除年限不得超过五年。
企业在处理汇算清缴期结束后取得的发票时，应根据具体情况选择合适的处理方式，并确保符合相关税务法规的要求。如有疑问，建议咨询专业税务顾问或税务机关。
