每个月已扣税但年底还要补税，主要有以下原因：
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综合所得收入变化
- 工资薪金变动：如果年度内个人的工资薪金有所增加，如获得升职加薪、奖金等，年度综合所得就会上升。而每月预扣预缴时可能未充分考虑这些因素，导致预缴税款与实际应纳税额产生差异，需要补税。
- 劳务报酬等其他收入增加：除工资薪金外，个人还可能有劳务报酬、稿酬、特许权使用费等其他综合所得收入。这些收入在每月预扣预缴时可能未足额缴纳税款或未单独计算税款，年度汇算清缴时需汇总计算并补税。
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专项附加扣除项目变化
- 扣除项目调整：纳税人的专项附加扣除项目在年度内可能发生变更，如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等专项附加扣除的增加、减少或终止。如果在预扣预缴时未及时更新这些扣除信息，就可能导致预缴税款不准确，需要年终汇算清缴时进行调整和补税。
- 扣除标准变化：某些专项附加扣除的标准或政策可能会在年度内发生变化，如果纳税人未按照新标准进行申报扣除，也会影响预缴税款的准确性，进而需要在年度汇算时补税。
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税收优惠政策享受不全
- 优惠资格未及时确认：一些税收优惠政策需要纳税人满足一定条件并自行申请或确认才能享受，如个人所得税的专项附加扣除、税收减免等。如果纳税人在年度内符合相关优惠条件，但在预扣预缴阶段未及时申请或确认，导致未享受相应的税收优惠，那么在年度汇算清缴时就可能需要补税。
- 优惠政策理解或执行有误：部分纳税人可能对税收优惠政策的理解不够准确，或税务机关在执行过程中存在偏差，导致纳税人未能充分享受应有的税收优惠，从而需要在年度汇算时进行补税。
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更换工作单位
- 如果在年度中间更换了工作单位，新单位的财务部门可能会重新计算累计收入的预扣税率，导致前后单位的预扣税率不一致。这种情况下，即使每个月都已扣税，但由于税率的变化，年度汇算时可能会出现需要补税的情况。
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计算误差或数据错误
- 无论是纳税人还是税务机关，都可能存在计算误差或数据录入错误的情况。比如，纳税人的工资收入计算错误、扣除项目金额填写错误，或者税务机关在进行预扣预缴时的计算出现偏差等，这些都可能导致预缴税款不准确，进而在年度汇算时需要进行补税。
年度汇算清缴是对全年个人所得税计征的一次全面核算和调整，旨在确保纳税人依法履行纳税义务，同时也保障了国家的税收利益。因此，即使每个月已经扣税，由于上述多种因素的影响，仍可能在年底出现需要补税的情况。
