针对漏报一个员工三个月的个税问题，综合整理处理方式及注意事项如下：

一、补报税款及更正申报流程

1. ‌启动更正申报‌

   • 登录自然人电子税务局扣缴端，选择对应税款所属月份，点击【综合所得申报】→【更正申报】启动更正‌。
   • 注意：仅支持“申报成功”状态的月份更正，不支持新增人员或修改累计专项附加扣除金额‌。

2. ‌填写及修正数据‌

   • 进入【收入及减除费用填写】，双击需修改的所得项目，更正该员工三个月的收入数据‌。
   • 若涉及减免税额或商业健康保险，需同步完善【附表填写】‌。

3. ‌重新计算税款‌

   • 点击【税款计算】重新核算应补（退）税额，确保涵盖所有漏报月份的税款‌。

4. ‌申报及缴款‌

   • 完成更正后提交申报表，并通过【税款缴纳】模块补缴税款及滞纳金‌。

二、滞纳金及罚款责任

1. ‌滞纳金计算‌

   • 从滞纳税款之日起，按日加收万分之五的滞纳金‌。例如：税款1万元逾期30天，滞纳金为150元（10,000×0.05%×30）。

2. ‌行政处罚风险‌

   • 税务机关可责令限期改正，并处2000元以下罚款；情节严重的罚款2000元至1万元‌。
   • 若涉及故意逃税且数额较大，可能构成刑事责任‌。

三、特殊情况处理

1. ‌首次申报或新公司‌

   • 若企业此前未进行过个税申报（如新成立公司），需携带资料（税务登记证副本、经办人身份证、申报表）至税务大厅办理补报‌。

2. ‌资料准备‌

   • 确保员工收入证明、银行流水等资料齐全，以便税务核查‌。

四、后续管理建议

• ‌完善内部流程‌：定期核查申报数据，建立复核机制避免遗漏‌。
• ‌及时处理逾期‌：发现漏报后尽快补正，减少滞纳金及罚款损失‌。

以上处理需结合企业具体情况选择线上更正或线下补报，并严格遵循《税收征收管理法》要求‌。