根据搜索材料和法律法规，特种作业证单位扣留是不合理的，并且是违法的。以下是详细解释：

1. 1.法律依据：根据《特种设备作业人员考核规则》（TSGZ6001-2019）第三十四条，特种设备安全管理和作业人员证遗失或损毁的，持证人员应当向原发证机关申请补发。《中华人民共和国劳动合同法》第九条规定，用人单位不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件
2. 2.单位扣留特种作业证的后果：单位扣留特种作业证会影响持证人员的正常工作和职业发展，因为该证件是国家安全生产监管总局颁发的，证明持证者已经接受了专业培训并完成了注册登记这种行为不仅违反了劳动法，还可能引发劳动争议。员工有权要求单位归还证件，并通过法律途径维护自己的权益
3. 3.员工的权利和应对措施：员工在离职时有权带走自己的特种作业证。如果单位扣留，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求单位归还证件劳动监察部门会依法进行调查处理，保障劳动者的合法权益
4. 4.补办和复审：如果证件被扣留且无法取回，员工可以向原发证机关申请补发。特种作业证每3年需要复审一次，连续从事本工种10年以上且严格遵守安全生产法律法规的，经同意可以延长至每6年复审一次

特种作业证单位扣留是不合理的，员工可以通过合法途径维护自己的权益。