工程款税率中的3%和9%主要涉及增值税的征收，以下是关于这两种税率的详细解释：
一、3%税率
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适用情况
- 小规模纳税人：小规模纳税人提供建筑服务，无论项目规模大小，均适用3%的征收率。这意味着，如果一个工程项目由小规模纳税人承接，那么其开具的增值税发票税率通常为3%。
- 特定一般纳税人：一般纳税人在某些特定情况下也可以选择适用简易计税方法，并按照3%的征收率缴纳增值税。这些情况包括以清包工方式提供的建筑服务（即只提供劳务，不提供材料）、为甲供工程提供的建筑服务（即建设方自行采购主要材料）、为建筑工程老项目提供的建筑服务（通常指《建筑工程施工许可证》注明的开工日期在2016年4月30日前的项目）等。
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计算方式：应纳税额=含税金额÷(1+3%)×3%。例如，若某小规模纳税人承接一项工程，含税金额为103万元，则其应缴纳的增值税为103÷(1+3%)×3%≈3万元。
二、9%税率
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适用情况
- 一般纳税人标准计税：一般纳税人提供建筑服务，如果不属于可以选择简易计税方法的情形，则通常适用9%的税率。这是建筑施工企业一般纳税人提供建筑服务的基本税率。
- 特定服务内容：9%的税率还适用于一些特定的建筑服务，如市政公用工程、园林绿化工程，各类建筑物、构筑物及其附属设施的建造、修缮、装饰，线路、管道、设备、设施等的安装以及其他工程作业的业务活动等。
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计算方式：应纳税额=含税金额÷(1+9%)×9%。例如，某一般纳税人承接一项工程，含税金额为109万元，则其应缴纳的增值税为109÷(1+9%)×9%≈9万元。
工程款税率中的3%和9%主要依据纳税人的类型（小规模纳税人或一般纳税人）以及提供建筑服务的具体情况来确定。在实际操作中，纳税人应根据自身的业务情况和税法规定来选择合适的计税方法并准确计算税款。
