农村合作医疗的报销方式主要取决于就诊医院是否属于定点医疗机构以及其级别和地理位置。根据不同的情况，报销流程可能有所不同。

在区内的乡镇级普通门诊定点医疗机构或市内定点医疗机构住院治疗的情况下，参保患者可以直接刷卡报销，即在出院结算时只需支付个人自付的部分，其余部分由定点医疗机构垫付给医院。这种情况下，患者无需先行全额垫付医疗费用，简化了报销流程，提高了效率。

如果是在市外二级及二级以上的公立医疗机构进行住院治疗，参保患者通常需要先自行垫付全部的医疗费用，然后在出院后三个月内携带必要的资料回到户籍所在地的新农合管理部门申请报销。这些资料包括但不限于医药费用原始发票、住院医药费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历等。

对于一些特殊情况，如因意外伤害导致的住院费用报销，除了上述材料外，还需要提供额外的证明文件，例如户口所在村(居)签字盖章的意外伤害原因确认证明以及医院的病案记录。这一步骤是为了确保报销过程中的信息真实有效，并防止欺诈行为的发生。

针对患有慢性疾病或者重大疾病的参保者，他们可以在获得县级定点机构的相关检查、化验报告及诊断证明后，向县农医局提出申请，并在批准后的指定医疗机构接受治疗，其费用也可以纳入门诊大病统筹报销范畴。这类报销同样要求患者先自行垫付医疗费用，之后再凭借相关单据申请补偿。

值得注意的是，不同地区的具体操作流程可能会有所差异，部分地区可能已经实现了跨地区联网结算，使得异地就医也能实现即时结算，避免了患者先垫付再报销的麻烦。但总体而言，大部分地区仍然遵循“先垫付后报销”的原则处理非本地定点医疗机构产生的医疗费用。

因此，为了确保能够顺利报销并减少不必要的经济压力，建议参保人员在前往外地就医前了解清楚当地的报销政策，并按照规定准备好所有必要的文件和证明材料。同时，随着信息技术的发展和社会保障体系的不断完善，未来有望进一步优化报销流程，提高服务效率，减轻参保人员的负担。

农村合作医疗的报销机制既存在直接报销的情形，也存在需要先垫付后报销的情况，具体情况需依据当地政策及所就诊医院的具体情况而定。如果您不确定自己的情况应如何操作，最好提前咨询当地的新农合管理部门获取准确指导。