目前没有一份全面且权威的水产种苗公司的综合排名，以下是一些在行业内较为知名的公司：

• 国联水产开发股份有限公司：源自 2001 年，是水产养殖行业头部企业，集种苗、养殖、饲料、加工、销售、科研开发为一体的大型跨国集团。在全国设立了多家分支机构和办事处，主营对虾、罗非鱼等水产养殖系列产品，营销网络遍及海内外数十个国家和地区。
• 海南中正水产科技有限公司：主要经营正大体系南美白对虾种苗，目前公司的年生产能力为 SPF 对虾幼体 300 亿尾，种苗 80 亿尾。凭借预估销量 50 亿尾，成功跻身 2024 中国虾苗企业销量 30 强榜单前 10。该公司注重科技人才培养，积极与各科研院所合作，多项科研成果已完成转化服务于市场。
• 广东百容水产良种集团有限公司：是广东地区较为知名的水产种苗公司，在水产良种选育、繁殖等方面有一定的技术实力和市场份额，其产品涵盖多种鱼类、虾类等种苗。
• 山东好当家海洋发展股份有限公司：是山东的水产种业领军企业之一，拥有国家级水产原良种场，在海参、鱼类等水产种苗培育和养殖方面经验丰富，具备较强的科研实力和产业规模，对推动当地水产种业发展起到重要作用。

海兴农集团有限公司、广东粤海饲料集团股份有限公司、深圳市澳华集团股份有限公司等企业，在水产种苗领域也有较高的知名度和市场影响力。