水土保持补偿费一般向税务部门申报，申报方式和地点如下：

• 线下申报：可前往建设项目所在地的税务机关办税服务厅，或政务服务大厅的税务窗口，凭载有应缴费金额的项目审批（许可）资料申报缴费。如丹寨县金钟经济开发区大十字政务服务中心一楼税务综合服务区 7-12 号窗口。也可到当地水行政主管部门审核确定水土保持补偿费征收额后，按其要求到指定税务地点缴纳，如宁夏回族自治区规定，开办一般性生产建设项目和矿产资源项目建设期间的，由水土保持方案审批部门或水行政主管部门审核确定水土保持补偿费征收额，并向缴纳义务人送达水土保持补偿费缴纳通知单，缴纳义务人按通知单规定到项目所在地主管税务机关缴纳。
• 线上申报：通过电子税务局申报，登录当地电子税务局网站或 APP，找到非税收入申报相关模块，按系统提示填写申报信息完成申报缴费。以江西省为例，可登录江西省电子税务局（http://etax.jiangxi.chinatax.gov.cn/etax），进入 “我要办税”-“税费申报及缴纳”-“非税收入申报”-“非税收入通用申报” 进行申报。

不同地区可能存在一些差异，如安徽省对中央和省级审批的跨区域水土保持补偿费项目，按次缴纳时，缴费人在安徽省境内已办理税务登记的，向主管税务机关申报缴纳；在安徽省境内未办理税务登记的，由缴费人向省水行政主管部门所在地的县（市、区）税务机关申报缴纳。建议提前咨询当地税务部门或相关主管部门，以确保申报流程的顺利进行。