12306支付失败但扣款成功的情况，通常由多种原因导致。以下是一些可能的原因：

1. 支付时间过长：网络传输或银行处理时间过长，导致扣款成功但购票不成功。

2. 系统故障或网络问题：可能是由于系统故障或网络问题导致支付不成功。

3. 支付失败：银行卡余额不足、卡号错误、支付密码错误等原因可能导致支付失败。

4. 重复支付：由于在线支付工具系统故障、网络传送不及时等原因，可能在第一次支付后未收到12306.cn网站回应的情况下，又点击第二次支付，从而出现重复支付的情况。

针对这种情况，可以采取以下措施：

1. 确认支付状态：请确认您的车票是否改签成功。如果车票已经改签成功，那么款项通常会按照新的车票信息进行结算。如果车票改签失败，那么款项会退回到您的原支付账户中。

2. 联系客服：您可以尝试联系12306客服或银行客服寻求帮助。他们可以帮助您查询支付状态、核实订单信息，并协助解决相关问题。

3. 等待退款：如果支付失败且无法通过其他方式解决问题，那么款项通常会在一定时间内退回到您的原支付账户中。具体退款时间可能因银行和支付方式的不同而有所差异。

当遇到12306支付失败但扣款成功的情况时，不要过于担心。首先确认支付状态和订单信息，然后尝试联系客服或等待退款。同时，为了避免类似情况的发生，建议在购票时仔细核对支付信息、确保网络连接稳定，并避免使用多个设备或浏览器同时进行支付操作。