北京大学第一医院和北京协和医院都是国内顶尖的医院，各有优势，难以简单地评判哪个更好。以下是从多个方面对二者进行的对比：
医院综合实力
- 北京协和医院：在国家三级公立医院绩效考核中排名第一，在复旦大学医院管理研究所公布的《中国医院排行榜》中连续十三年名列榜首。是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是国家卫生健康委指定的全国疑难重症诊治指导中心，最早承担干部保健和外宾医疗任务的医院之一，也是高等医学教育和住院医师规范化培训国家级示范基地，临床医学研究和技术创新的国家级核心基地。
- 北京大学第一医院：是一所融医疗、教学、科研、预防、公共卫生为一体的大型综合性三级甲等医院，是中央保健基地医院。在 2022 年复旦版医院综合排名中位列前 100 名。也是国内首批建立的临床医学院之一，拥有着一批国内的首创专业学科以及在我国率先开展的诊疗技术。
优势科室
- 北京协和医院：拥有 29 个国家临床重点专科。变态反应科、病理科、超声科、传染感染科、耳鼻喉科等众多科室都在全国排名前列，其中，全国重症医学、病理、变态反应等多个科室排名第 1。
- 北京大学第一医院：拥有 19 个国家卫健委临床重点专科项目。其肾脏科、泌尿外科、皮肤等科室优势明显，其中肾脏科排名全国第 1，泌尿外科排名全国第 2。
医疗设备
- 北京协和医院：不断引进先进的医疗设备，如 2016 年新引进的 Elekta Versa HDTM 电子直线加速器、西门子 1.5T 磁共振模拟定位机 AERA 等，拥有 PET - MR、PET - CT 等高端设备，为精准诊断和治疗提供了有力支持。
- 北京大学第一医院：作为大型综合性医院，配备了齐全且先进的医疗设备，能满足各种疾病的诊断和治疗需求，如拥有先进的心血管介入设备、高端的超声诊断设备等，但在设备的全面性和顶尖设备的数量上，可能略逊于协和医院。
科研水平
- 北京协和医院：是国家 “传染病”“新药创制” 重大专项、“十一五”“十二五” 支撑计划、国家重点研发计划的重要单位，先后获得国家级科技进步奖励 25 项。拥有国家级科研平台 6 个，在医学研究的多个领域处于国内领先地位，在国际上也有较高的影响力。
- 北京大学第一医院：科学研究水平多年来一直位居国内的领先地位，近五年来，获批国家、省部市、校级和横向课题，以及临床试验合计 1600 余项，经费约 11 亿元，其中纵向课题 7 亿元，累计发表 SCI 收录论文近 3000 篇。
患者评价
- 北京协和医院：患者满意度较高，在好大夫在线等平台上，好评数量众多，患者对其医疗技术、服务态度等方面普遍较为认可，不过由于患者众多，也存在挂号难、看病等待时间长等问题。
- 北京大学第一医院：患者对医院的评价也较好，医生认真负责，医疗技术精湛，在患者中有着良好的口碑，同样也面临着患者多、就医压力大的情况。
如果是患有肾脏疾病、泌尿系统疾病等，北京大学第一医院是很好的选择；若是其他复杂疑难病症，尤其是需要多学科综合诊治的，或者是对医院的整体声誉和排名较为看重，北京协和医院可能更具优势。
