根据最新政策及实务操作规范，现金支付超过1000元需遵循以下处理方式：

一、禁止直接现金支付的情形

根据《关于限制使用现金支付措施的通知》，自2020年6月10日起，单位支付给个人的款项超过1000元（含）的，应当通过银行转账或银行卡支付，不得使用现金。但以下情况仍可使用现金：

1. 职工工资、津贴和奖金

   不受1000元限额限制，但建议通过银行转账或银行卡支付以确保合规性。

2. 小额零星支出

   包括购买办公用品、劳保用品等小额、零星、不定期支出，但需符合单位内部现金管理制度。

二、特殊场景处理方式

1. 政策调整前的处理（2020年6月10日前）

   若单位在政策调整前已形成习惯性现金支付，可继续使用现金，但需在2020年6月10日前完成向银行转账的过渡。

2. 大额现金的替代方案

   • 转账/银行卡支付 ：通过银行柜台、网上银行或第三方支付平台完成支付。

   • 分解支付 ：将大额支出拆分为多个小额支付，但需符合单位财务规范。

三、注意事项

1. 合规性要求

   违反现金管理制度可能导致财务风险或税务问题，建议咨询专业机构确保合规。

2. 记录与凭证

   无论何种支付方式，均需保留完整票据和支付凭证，以备税务审计。

3. 现金管理优化

   对于长期小额现金需求，可考虑设立现金备用金账户，但需严格审批流程。

四、政策依据与调整说明

原现金管理中关于1000元限额的规定（《现金管理暂行条例》）已于2024年1月20日废止，现行政策未对具体金额进行限制，但强化了银行转账等非现金支付方式的要求。建议单位及时调整财务流程，以符合最新监管要求。

综上，超过1000元的现金支付需优先选择转账或银行卡支付，特殊场景可结合实际情况制定合规方案。