根据相关法律法规和金融机构的规定，自动扣款失败后手动还款是否算作逾期，需结合具体情况判断，主要分为以下几种情况：

一、还款时间节点的界定

1. 还款日当天24点前

   若用户在还款日当天24点前完成手动还款，则不视为逾期。金融机构通常以24点为分界线，24点前还款均视为按时还款。

2. 宽限期内还款

   部分贷款产品提供宽限期（如银行统一扣款延迟1-2天），在宽限期内手动还款同样不视为逾期。

二、特殊情况处理

1. 次日系统自动扣款

   若自动扣款失败后，次日系统成功扣款，则不视为逾期。

2. 小额欠款的特殊处理

   若欠款金额低于10元，即使自动扣款失败，只要银行次日有账务处理，仍不视为逾期。

三、注意事项

1. 避免错过宽限期

   不同金融机构的宽限期可能不同，建议在还款日前确保账户余额充足，避免因系统延迟导致逾期。

2. 及时联系金融机构

   若因银行账户问题导致扣款失败，应尽快联系银行处理，避免因操作延误影响信用记录。

3. 法律后果

   逾期还款可能影响征信记录，但属于民事纠纷，不会直接导致刑事责任。若长期逾期，可能面临法律诉讼或财产清算。

四、建议操作步骤

1. 核对扣款信息

   检查银行卡余额、账户状态及扣款账户是否正确，避免因信息错误导致扣款失败。

2. 设置自动还款提醒

   通过银行APP或第三方支付平台设置自动还款提醒，确保按时还款。

3. 保留还款凭证

   手动还款后保留银行回执或支付凭证，以备后续可能的纠纷处理。

综上，自动扣款失败后手动还款是否算逾期，关键在于是否在还款日24点前完成还款。建议通过银行渠道核实具体扣款时间，并提前做好资金准备，避免因操作失误影响信用记录。