在南京医保系统升级期间，医保卡的使用和费用报销可能会受到一定影响。根据相关资料，在特定的系统维护或升级期间，参保人员可能无法正常使用医保卡进行即时结算。

例如，在2022年6月17日20时至6月26日24时期间，南京市进行了医保信息平台的升级迁移工作，这期间部分医保经办业务暂停办理，医院的相关医保业务也同步暂停刷卡结算。具体来说：

• 在6月24日20时至6月26日24时这段时间内，全市暂停了参保人员在定点医疗机构和定点零售药店的医保刷卡就医购药业务（包括医保电子凭证刷码）。
• 如果参保人员需要在此期间门诊就诊或药店购药，则需先行垫付医疗费用。待新的“医保信息平台”启用后，可以在30日内持原始票据回到原就诊定点医药机构进行退费并重新刷卡结算。

在2017年7月28日至8月8日期间，南京市实施了“金保工程”信息系统的升级，导致市、区两级人社部门以及所有医保协议医疗机构和药店暂停服务。同样地，参保人员需要在这段时间内先自行垫付医疗费用，并在新系统上线后凭发票和社保卡到原购药就诊的医药机构重新刷卡结算。

因此，在医保系统升级期间，通常情况下是不能直接通过医保卡进行费用报销的。不过，一旦系统升级完成，参保人员可以根据相关规定携带必要的材料回到原来的就诊地点进行费用的二次结算或者报销。为了确保流程顺利，建议在前往医院之前咨询当地医保局或者所在医疗机构的服务窗口获取最新的指导信息。如果遇到特殊情况，如紧急医疗服务需求，应当及时与主治医生沟通，寻求临时解决方案，同时保留好所有的医疗收费凭证以便后续报销处理。

请注意，上述情况基于历史事件，具体的政策和操作流程可能会随着时间推移而发生变化。如果您正在询问的是当前的情况，请查阅最新的官方通知或联系当地的医保管理部门获取最新信息。