药店不愿意刷医保卡的原因主要有以下几点：

1. 医保直接支付差价较大 ：医保直接支付的药品价格普遍低于零售价，导致药店通过刷医保卡会产生较大的差价，从而影响利润。

2. 刷卡作业不支持信息化 ：医保刷卡作业较为复杂，当前药店的系统建设层次不够，且缺乏运营方对刷卡作业的支持，使得刷卡操作体验不够友好。

3. 刷卡程序复杂繁琐 ：医保业务程序复杂多变，操作步骤繁琐，容易引起操作差错，耗费了更多人力，影响药店吸引消费者的能力。

4. 药店资质问题 ：只有医保定点药店才可以刷医保卡，如果药店不是医保定点药店，则无法使用医保卡支付。

5. 药品不在医保保障范围内 ：并非所有药品都可以使用医保卡支付，例如保健品就不在医保个人账户的支付范围内。

6. 医保类别不同 ：城乡居民医保没有个人账户，因此无法在药店刷医保卡使用。

7. 医保系统或政策问题 ：有时医保政策或系统可能出现调整，导致医保卡暂时无法使用，或者药店因资质问题无法接受医保卡支付。

综上所述，药店不愿意刷医保卡的原因涉及多个方面，包括经济利益、系统支持、政策限制等。建议消费者在购药时确认药店是否为医保定点药店，并了解所购药品是否在医保保障范围内，以避免不必要的麻烦。