深圳社保一档和三档退休金在计算方式上是相同的，但实际领取金额可能不同，具体如下：
- 计算方式
- 1992 年 8 月 1 日以后参加社保的：养老金由统筹养老金和个人账户养老金组成。统筹养老金 =（退休时本市上年度在岗职工月平均工资 + 本人指数化月平均缴费工资）÷2× 总缴费年限 ×1%；个人账户养老金 = 退休时个人账户累积额 ÷ 计发月数。
- 1992 年 7 月 31 日以前参加社保的（包含正式调入人员）：养老金由统筹养老金、个人账户养老金、过渡性养老金组成，在法定退休年龄前取得本市户籍，且在本市实际缴费年限累计满十年的，还将增加一项调节金。其中统筹养老金和个人账户养老金计算方法同上。过渡性养老金 = 本人指数化月平均缴费工资 × 享受比例，1992 年 7 月 31 日前缴费年限不超过 25 年的，享受比例为 1992 年 7 月 31 日前缴费年限乘以 1.2%；1992 年 7 月 31 日前缴费年限超过 25 年的，享受比例为（1992 年 7 月 31 日前缴费年限 - 25）×1%+30%。同时，符合相关条件的还有每月 100 元的加发过渡性养老金和每满一年计发 4 元的缴费年限津贴。调节金的领取条件为 1992 年 7 月 31 日前参加工作、达到法定退休年龄前为深户、在深圳实际缴费满 10 年，满足条件可享受每月 300 元调节金。
- 实际领取金额：深圳社保一档和三档指的是医疗保险的不同缴费档次，而退休金主要与养老保险的缴费情况相关。如果参保人在养老保险方面的缴费基数、缴费年限、个人账户积累额以及退休时基本养老金计发基数等因素相同，那么一档和三档的退休金是一样的。但通常情况下，由于一档医疗保险的缴费基数是职工上月工资总额，缴费比例相对较高；三档医疗保险缴费基数为深圳市上年度在岗职工月平均工资，缴费比例较低。这可能导致在相同的工资水平下，参加医保一档的人员，其养老保险的缴费基数也会较高，进而使得其养老保险个人账户积累额更多，在计算个人账户养老金时更有优势，同时在计算基础养老金时，本人指数化月平均缴费工资这一因素也可能会使得基础养老金部分更高。
综上所述，深圳社保一档和三档本身的医保档次差异不直接决定退休金，但因缴费基数等因素可能间接影响退休金的多少。
