北京新农合（新型农村合作医疗制度）和职工医保（城镇职工基本医疗保险制度）之间存在以下主要区别：
- 参保对象 ：
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新农合主要面向农村居民，包括农民及其家庭成员等。
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职工医保主要面向城市职工，包括企事业单位职工、机关事业单位职工等。
- 缴费主体和方式 ：
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新农合由参保人个人缴纳，政府补贴和募捐等多种方式筹集资金，一般按年缴纳，每年9-12月为缴费期，金额大约为三四百元。
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职工医保由用人单位和职工共同缴纳，个人缴纳2%，单位缴纳10%，按月缴纳，发工资时会先扣除，一般每月一百多块钱。
- 报销比例和范围 ：
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新农合的报销比例一般在50%-70%之间，异地报销可能更低，为30%-40%，起付线一般为300元，报销范围包括门诊、住院、大病报销、大病二次报销、慢性病报销等。
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职工医保的报销比例较高，尤其是单位职工一般从70%开始报销，比例在70%-90%之间，起付线一般为门诊自费超过2000元、住院自费超过2000元，报销范围包括门诊、住院、生育保险、补助性医疗、大病保险等。
- 参保年限 ：
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新农合需要终身缴费，不交不享受。
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职工医保一般要求男性交满25年、女性交满20年，退休后不再缴纳基本医疗保险费即可享受终身医保待遇。
- 其他待遇 ：
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职工医保建立个人账户，灵活就业人员除外；新农合不建立个人账户。
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职工医保的缴费年限可累计，到达法定退休年龄后不再缴纳基本医疗保险费即可享受医保待遇；新农合的缴费年数不累计，需每年续缴。
总结：
北京新农合和职工医保在参保对象、缴费主体和方式、报销比例和范围、参保年限以及其他待遇等方面存在明显差异。建议根据个人实际情况和需求选择合适的医保类型。
