重庆灵活就业人员医保分为两个档次，它们之间的主要区别如下：
- 缴费金额 ：
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一档 ：每月缴费额约为1066.1元，年度总计为12793.2元。
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二档 ：每月缴费额约为1357.1元，年度总计为16285.2元。
- 个人账户 ：
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一档 ：没有个人账户，所有费用计入统筹基金。
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二档 ：有个人账户，缴费基数的2%会进入个人账户。
- 门诊特殊病种覆盖范围 ：
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一档 ：仅涵盖恶性肿瘤、肾移植手术后的状况、肾功能衰竭透析和血友病等。
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二档 ：包括糖尿病、系统性红斑狼疮、高血压等更多病种，覆盖范围更广。
- 普通门诊统筹报销限额 ：
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一档 ：在职人员每年800元，退休1200元。
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二档 ：在职人员每年3000元，退休4000元。
- 住院报销比例 ：
- 一档和二档 ：住院报销比例均为90%，但需在定点医院办理住院。
- 其他待遇 ：
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一档 ：连续参保12个月，年度自费超过3131元可以报销70%，社康看门诊报30%，大型设备检查报80%。
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二档 ：每年有1000元门诊费用，需绑定社康医院，门诊大型设备检查和治疗单次最高不超过120元。
- 适用人群 ：
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一档 ：深户强制购买，非深户也可以购买，适用于一般知名大公司上市公司等。
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二档 ：一般多为公司类型的单位缴纳，因为企业也要有效益。
- 就医原则 ：
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一档 ：市内任一定点医疗机构就医。
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二档 ：门诊在绑定社康中心就医，住院在市内任一定点医疗机构就医，门诊大病在规定医疗机构就医。
综上所述，选择医保一档还是二档，需要根据个人的经济状况、医疗需求以及对门诊特殊病种的覆盖需求来决定。如果经济条件允许且希望有更多的门诊报销和个人账户资金积累，二档可能更为合适。如果经济压力较大，且主要关注住院报销和门诊特殊病种的覆盖，一档则更为经济实惠。
