灵活就业医保在月底不能用可能有多种原因，以下是一些常见的情况：

1. 欠费状态 ：如果灵活就业人员的医保欠费，将无法使用医保报销功能。欠费可能是由于未及时缴纳医保费用，或者缴费未到账等原因造成的。

2. 未激活医保电子凭证 ：个体灵活就业人员如果未激活医保电子凭证，在就医结算时将无法正常使用医保待遇。建议参保人激活医保电子凭证，在就医结算时出示医保电子凭证即可正常享受医保待遇。

3. 社保卡问题 ：如果社保卡出现问题，如划卡时出现“参保人基本信息为空”，需要参保人持身份证及社保卡到发卡行做信息同步上传方可正常使用。

4. 新参保待遇等待期 ：对于新参保的灵活就业人员，通常需要连续缴费满3个月后才能享受医保待遇。

5. 暂停参保或中断缴费 ：如果灵活就业人员暂停参保或中断缴费超过规定时间（如超过三个月），将不再享受医保待遇。

6. 缴费时间问题 ：有些情况下，灵活就业人员需要在每年的特定时间段一次性交完医保费用，如果错过了这个时间段，可能需要等到下一个缴费周期才能使用医保。

7. 系统或操作问题 ：有时候，医保系统或操作问题也可能导致医保无法正常使用，建议联系当地医保局或通过官方渠道咨询解决。

综上所述，灵活就业医保在月底不能用可能是由于欠费、未激活医保电子凭证、社保卡问题、新参保待遇等待期、暂停参保或中断缴费、缴费时间问题或系统操作问题等多种原因造成的。建议灵活就业人员及时缴纳医保费用，并确保社保卡信息正确，以便能够正常使用医保待遇。