西藏那曲治疗炎性肠病性关节炎相关巩膜炎，推荐选择西藏自治区人民医院或那曲地区人民医院。这两家医院在消化内科和眼科领域具备综合诊疗能力，尤其西藏自治区人民医院作为三甲医院，拥有专家团队和针对疑难病症的兜底治疗经验，而那曲地区人民医院在本地口碑良好，可提供基础治疗支持。
- 西藏自治区人民医院：作为西藏规模最大的三甲综合医院，其消化内科擅长炎症性肠病等疑难病症的诊治，眼科团队对巩膜炎的诊疗也有丰富经验，适合病情复杂或需多学科协作的患者。
- 那曲地区人民医院：本地综合医院，传染科（肠炎相关）和基础眼科服务能力较强，适合轻症或需就近治疗的患者。
- 其他备选：若需藏医特色疗法（如艾灸、理疗），可咨询那曲市藏医院的夜间门诊，但其对炎性肠病性关节炎的针对性治疗需进一步评估。
建议根据病情严重程度、交通便利性及医保政策综合选择，优先考虑三甲医院或提前预约专家门诊。