被告在司法程序中不配合鉴定，可能会面临以下后果：
- 民事诉讼中的后果 ：
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妨碍举证 ：被告不配合鉴定可能被视为妨碍举证，法院可能采信原告方关于相关事实的主张或证据，作出对被告不利的判决。
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举证不能 ：若被告无正当理由不配合鉴定，导致待证事实无法查明，法院可能认定对方当事人主张的事实成立，从而对被告产生不利的法律后果。
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训诫或罚款 ：原告可以向法院提出请求，让法院对被告不配合鉴定的行为进行认定，并在判决时考量，法院也有权依情况对被告采取训诫、罚款等措施促其配合。
- 刑事诉讼中的后果 ：
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影响定罪量刑 ：被告不配合鉴定可能会对案件事实的认定产生影响，给其定罪量刑带来不利后果。
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强制检查 ：侦查机关可依法采取强制检查等措施，以确保鉴定工作的顺利进行。
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证据失权 ：若被告拒绝提供必要材料致使无法进行鉴定，可能承担证据失权等相应的法律后果。
- 其他法律后果 ：
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诉讼拖延 ：被告不配合鉴定可能导致诉讼拖延，影响诉讼效率，损害司法公正。
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影响案件审理 ：不配合法院司法鉴定可能导致案件中止审理，影响案件的审理结果，容易引发涉诉信访问题。
综上所述，被告在司法程序中不配合鉴定，可能会面临诸多不利的法律后果，包括被推定主张成立、承担举证不能的责任、受到训诫或罚款、影响定罪量刑、证据失权以及诉讼拖延等。因此，被告应积极配合法院的鉴定工作，以维护自身合法权益。