农村合作医疗和职工医保的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖对象 ：
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职工医保 ：主要针对城镇的用人单位及其职工，包括企业、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位等。
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新农合 ：为农村户口的居民提供的基本医疗保障。
- 缴费主体 ：
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职工医保 ：由用人单位和职工共同缴纳，缴费比例通常为个人2%，单位10%。
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新农合 ：由个人、集体和政府多方筹资，农民自愿参加，个人缴费为主，政府给予一定补贴。
- 缴费方式 ：
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职工医保 ：按月缴纳，需要连续缴纳一定年限（通常为6个月）后享受报销待遇。
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新农合 ：每年办理参保缴费手续，一次性缴纳一年费用。
- 报销比例和范围 ：
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职工医保 ：报销比例较高，通常在70%-90%之间，且覆盖范围广，包括门诊、住院、买药等。
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新农合 ：报销比例相对较低，一般在50%-70%之间，且覆盖的医疗服务项目有限，主要集中在住院费用。
- 报销限额 ：
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职工医保 ：年度报销限额较高，可能达到几十万甚至更高，且没有明确的住院金额限制。
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新农合 ：年度报销限额较低，一般为十几万元，且存在一定的起付线。
- 就医方便性 ：
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职工医保 ：通常拥有更完善的服务网络，包括各类大中型医院，就医较为方便。
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新农合 ：侧重于基层医疗卫生服务，如乡镇卫生院和村卫生室，到大城市的医院就医报销比例会降低。
- 管理机构 ：
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职工医保 ：一般由社会保险行政部门管理。
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新农合 ：可能由当地的卫生行政部门或者农村合作经济组织管理。
综上所述，职工医保和新农合在覆盖对象、缴费主体、缴费方式、报销比例和范围、报销限额、就医方便性以及管理机构等方面存在显著差异。职工医保更适合城镇职工，提供更高的报销比例和更广泛的医疗服务；而新农合则为农村居民提供基本医疗保障，报销比例和范围相对较低，且更侧重于基层医疗资源。建议根据个人所在地区和实际情况选择合适的医疗保险。