在云南怒江地区，治疗真菌性巩膜炎较好的医院主要有以下几家：

怒江州人民医院

• 医院等级：三级综合医院
• 特色：怒江州人民医院眼科疾病医疗设施齐全，在眼科疾病治疗方面有着丰富的经验。医院建立于1952年，经历了四次院址搬迁，技术力量雄厚，科室设置齐全，医疗设备先进，承担着全州医疗保健、教学科研与指导基层医院和紧急医疗救援任务。

泸水县皮肤病医院

• 医院等级：二甲医院
• 特色：泸水县皮肤病医院口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。

请注意，以上排名仅供参考，具体选择哪家医院还需根据患者的具体病情、医院的诊疗水平、地理位置以及个人经济情况等因素综合考虑。建议患者在就诊前进行详细的咨询和了解，以便选择最适合自己的治疗方案。