合作医疗（新农合）和灵活就业医疗在多个方面存在显著差异，主要包括以下几个方面：
- 参保人群 ：
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新农合 ：主要针对农村户籍居民及流动人口。
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灵活就业医疗 ：面向符合条件的灵活就业人员，如个体工商户、自由职业者等。
- 缴费标准 ：
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新农合 ：缴费标准相对较低，一般按照收入的一定比例或固定金额缴纳。
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灵活就业医疗 ：缴费标准较高，通常按照收入的一定比例确定。
- 参保期限 ：
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新农合 ：参保期限较为固定，通常按年度计算。
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灵活就业医疗 ：参保期限灵活，可根据需求选择不同时间段。
- 报销比例 ：
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新农合 ：报销比例较低，一般在50%—70%之间，且在不同地区有所差异。
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灵活就业医疗 ：报销比例较高，一般在70%—90%之间。
- 保障范围 ：
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新农合 ：主要提供基本医疗保险和大病保险。
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灵活就业医疗 ：涵盖基本医疗保险、工伤保险、生育保险和失业保险等多个方面。
- 使用范围 ：
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新农合 ：使用范围较窄，通常只有住院才能报销，少部分城市看病就诊也可以报销。
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灵活就业医疗 ：使用范围更广，可以用于挂号、看病就医、药店买药、住院治疗报销等。
- 缴费年限 ：
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新农合 ：没有交费年限，需要一直缴费才能享受报销。
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灵活就业医疗 ：有交费年限，如男性25年，女性20年，交够年限后可以终身享受医保报销。
建议
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经济条件有限 ：如果经济条件有限，至少选择居民医保（新农合），因为它缴费较低，适合经济压力较大的群体。
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经济条件较好 ：如果经济条件较好，希望获得更全面、更高水平的医疗保障，并且愿意承担较高的费用，灵活就业医疗是比较合适的选择，因为它报销比例高，保障范围广。
通过以上分析，可以根据个人经济状况和需求选择最适合的医疗保险制度。