医疗保险和合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖对象 ：
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医疗保险 ：通常覆盖城镇地区的职工、灵活就业人员以及居民，具体包括国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等单位的职工，以及机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位的职工和失业人员等。
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合作医疗 ：主要针对农村地区的居民，即具有农村户口的人群，且通常以家庭为单位整户参加。
- 缴费方式 ：
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医疗保险 ：由职工和用人单位共同缴纳，用人单位缴费率控制在职工工资总额的6%左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。
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合作医疗 ：由农民个人自愿参加，缴费金额每年几百元，通过个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的方式筹集资金。
- 保险期限 ：
- 医疗保险 ：职工医保累计交满25年可以享受终身医保待遇，而农村医保是一年交一次，保险期限仅为一年，断了就没有了。
- 报销比例 ：
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医疗保险 ：报销比例较高，可达95%左右，且很多地方每年报销上限为30万元。
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合作医疗 ：报销比例相对较低，一般在75%左右，很多地方一年报销上限为20万元。
- 包含项目 ：
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医疗保险 ：除了包含基本医疗保险外，还包括养老保险、失业保险、工伤保险和生育保险。
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合作医疗 ：只包含医疗保险。
- 管理方式 ：
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医疗保险 ：属于社保系统管理，覆盖范围广，包括基本医疗、住院、门诊等费用。
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合作医疗 ：由卫生局的业务管理，覆盖范围相对较窄，主要解决农民的基本医疗保障问题。
综上所述，医疗保险和合作医疗在覆盖对象、缴费方式、保险期限、报销比例、包含项目以及管理方式等方面存在显著差异。建议根据自身情况选择合适的医疗保障制度，以确保获得适当的医疗保障。