职工医疗和农村合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象不同 ：
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职工医疗保险主要针对城镇的用人单位及其职工。
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农村合作医疗（新农合）则是为农村户口的居民提供的。
- 缴费主体和方式不同 ：
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职工医疗保险的缴费由用人单位和职工共同承担，是单位和个人一起交，按照工资的一定比例计算，每个月都得交。
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农村合作医疗的资金来自个人、集体和政府的多方筹资，农民朋友们自己交个几百块一年就行，政府还会给补贴一部分。
- 报销范围和比例不同 ：
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职工医疗保险的报销范围较广，包括门诊、住院、特殊治疗方法、进口药和高档医疗服务，报销比例较高，一般能报到80%甚至90%以上。
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农村合作医疗的报销范围相对有限，主要集中在住院医疗，报销比例较低，一般在50%到70%之间，且在大城市的报销比例会更低。
- 报销限额不同 ：
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职工医疗保险一年能报的钱较多，几十万甚至更高，适合生大病的情况。
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农村合作医疗的报销限额较低，一般十几万左右，严重病情的报销可能受限。
- 就医方便性不同 ：
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职工医疗保险通常拥有更完善的服务网络，包括各类大中型医院。
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农村合作医疗则侧重于基层医疗卫生服务，如乡镇卫生院和村卫生室。
- 管理机构不同 ：
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职工医疗保险一般由社会保险行政部门管理。
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农村合作医疗保险可能由当地的卫生行政部门或者农村合作经济组织管理。
综上所述，职工医疗保险和农村合作医疗在参保对象、缴费方式、报销范围、比例、限额以及就医方便性等方面均有显著差异。建议根据自身情况选择适合的医疗保险，以确保获得适当的医疗保障。