农村医疗保险（新农合）与公司医保（职工医保）的主要区别体现在以下几个方面：
- 投保对象不同 ：
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公司医保 ：为用人单位在职职工提供的医疗保障，适用于城镇所有用人单位及其在职职工。
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农村医保 ：参保对象主要是当地村民，适用于农村户籍居民。
- 缴费主体不同 ：
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公司医保 ：由用人单位和社会成员个人共同缴纳医疗保险费，一般由单位统一购买，单位和个人按比例共同承担。
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农村医保 ：由政府组织，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，按年度缴费，个人缴费为主，政府给予一定补贴。
- 支付方式不同 ：
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公司医保 ：需要缴纳一定年限（一般为连续六个月），用户方可享受报销待遇。
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农村医保 ：每年都需要办理参保和缴费手续，缴费后当年享受医保待遇。
- 报销比例不同 ：
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公司医保 ：在定点医院就医的报销率最高，市级以上医院报销比例相对较小，且通常包括门诊治疗费用的报销，报销比例较高。
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农村医保 ：农村乡镇卫生院新农合报销比例最高，市级以上医院报销比例相对较小，报销范围可能不包括门诊治疗保险。
- 保障期限不同 ：
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公司医保 ：退休前累计缴满一定期限（通常为15年到25年）后，可享受终身医保待遇。
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农村医保 ：通常为一年一交，未明确规定终身享受医保待遇，具体政策因地区而异。
- 其他差异 ：
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公司医保 ：通常有起付标准和限额，且职工医保卡上的余额可以累积使用。
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农村医保 ：起付标准和限额相对较低，且一般不累积使用医保卡余额。
综上所述，公司医保和农村医保在投保对象、缴费主体、支付方式、报销比例、保障期限等方面存在显著差异。公司医保适用于城镇在职职工，提供较为全面的医疗保障和较高的报销比例；而农村医保主要服务于农村户籍居民，报销比例相对较低，且缴费标准较低，政府给予一定补贴。建议根据自身情况选择合适的医保类型，以确保获得适当的医疗保障。