城乡居民医疗保险和新农合的主要区别如下：
- 覆盖对象 ：
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城乡居民医疗保险 ：覆盖城镇非从业居民，包括学生、儿童、老年居民等。
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新型农村合作医疗（新农合） ：针对农村居民的医疗保险。
- 管理部门 ：
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城乡居民医疗保险 ：主要由人社部门管理。
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新农合 ：多数地方由卫生部门管理。
- 购买方式 ：
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城乡居民医疗保险 ：非农业户口的居民可以购买。
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新农合 ：必须是农村户口的居民才能参保，且通常以家庭为单位整户参保。
- 报销比例 ：
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城乡居民医疗保险 ：
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住院费用支付比例保持在75%左右。
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门诊统筹逐步提高，逐步缩小政策范围内支付比例与实际支付比例间的差距。
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新农合 ：
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在乡镇医院报销比例较高，市级医院平均报销比例比城镇医保低10%-20%，最高封顶也比城镇医保少。
- 保障待遇侧重点 ：
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城乡居民医疗保险 ：主要保障住院和门诊大病，兼顾普通门诊，住院及门诊大病待遇高于新农合。
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新农合 ：门诊待遇水平总体要高于城镇居民医疗保险。
- 医药目录 ：
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城乡居民医疗保险 ：可报销的医药目录较新农合丰富。
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新农合 ：可报销的药品目录比城镇医保少。
- 起付线和封顶线 ：
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城乡居民医疗保险 ：起付线较新农合稍高，在大医院报销比例稍高，交钱也交得多一些。
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新农合 ：在乡镇医院起付线低，报销比例高，但在市级及以上医院报销比例和封顶线均较低。
综上所述，城乡居民医疗保险和新农合在覆盖对象、管理部门、购买方式、报销比例和保障待遇等方面存在明显差异。2016年后，这两项制度已经合并为统一的城乡居民医疗保险制度，以简化管理并提高保障效率。