农村合作医疗（新农合）和城乡居民医疗保险 存在明显的区别 ，主要体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
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新农合主要针对具有农村户籍的居民，要求以家庭为单位整户参保。
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城乡居民医疗保险则覆盖了更广泛的范围，包括城镇和农村户口的居民，是整合了新农合与城镇居民医疗保险后的制度。
- 报销比例与范围 ：
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新农合的报销比例在10%-80%不等，可报销的药品目录相对较少，且在市级及以上医院的平均报销比例低于城乡居民医疗保险。在乡镇卫生院就医时，新农合报销比例较高，起付线较低。
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城乡居民医疗保险的报销比例通常为85%（根据不同等级医院而定），报销药品范围更广，且能够为参保居民提供更为充分的医疗保障。
- 保障内容与侧重点 ：
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新农合主要侧重于保障农民在乡镇卫生院的医疗需求，门诊待遇水平相对较高。
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城乡居民医疗保险则主要保住院和门诊大病，兼顾普通门诊，因此其住院及门诊大病待遇要高于新农合。
- 统筹层次 ：
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新农合的统筹层次属于县级统筹，如果需要到更大的医院去就医看病，需要逐级转诊。
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城乡居民医疗保险的统筹层次为地市级统筹，在一个地市级的范围之内，可以在全市范围选择定点的医疗机构看病住院。
- 政府补助 ：
- 新农合的政府补助普遍高于城镇居民医保。新农合政府每年每人补助资金平均在400到500元左右。
- 管理部门 ：
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新农合在多数地方由卫生部门进行管理。
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城乡居民医疗保险主要由人力资源和社会保障部门负责管理和运作。
综上所述，虽然新农合和城乡居民医疗保险都旨在提供医疗保障，缓解因病致贫、因病返贫的问题，但它们在参保对象、报销比例与范围、保障内容与侧重点、统筹层次、政府补助以及管理部门等方面均存在显著差异。