城镇医疗保险和农村合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖人群 ：
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城镇医疗保险 ：主要针对具有城镇户籍的城镇非从业人员，包括在城区学校就读的在校学生等，不受户籍限制。
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农村合作医疗 （新农合）：面向具有农村户籍的居民，农民以家庭为单位自愿参加。
- 管理部门 ：
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城镇医疗保险 ：主要由人社部门管理。
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农村合作医疗 ：多数地方由卫生部门管理。
- 保障待遇 ：
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城镇医疗保险 ：主要保障住院和门诊大病，同时兼顾普通门诊。住院及门诊大病待遇通常高于新农合。
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农村合作医疗 ：门诊待遇水平相对较高，大病统筹旨在为农民在面对重大疾病时提供经济保障。
- 缴费标准和待遇标准 ：
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城镇医疗保险 ：缴费标准（成年居民）略高于新农合，但低于城镇职工医保。待遇标准总体上略低于城镇职工医保，但高于新农合。
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农村合作医疗 ：缴费标准较低，政府会给予一定的财政补贴。待遇标准相对较低，但在一些地区，门诊待遇可能具有相对较高的水平。
- 报销范围和比例 ：
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城镇医疗保险 ：报销范围较广，特别是在高端医疗服务、先进诊疗技术和进口药品的报销上。报销比例较高，尤其在三甲医院。
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农村合作医疗 ：报销范围相对较窄，但在乡镇医院的报销比例较高。在三甲医院的报销比例较低，可能只有30%左右。
- 参保年限 ：
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城镇医疗保险 ：累计缴费满一定年限（如15年），退休后免缴享终身。
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农村合作医疗 ：需每年缴费，未明确提及具体的累计缴费年限，但通常要求家庭整户参加。
综上所述，城镇医疗保险和农村合作医疗在覆盖人群、管理部门、保障待遇、缴费标准和待遇标准、报销范围与比例以及参保年限等方面存在明显差异。建议根据自身户籍和需求选择合适的医疗保险制度。