违法
员工有合作医疗公司不上社保是 违法 的。以下是相关依据：
- 法律规定 ：
- 根据《中华人民共和国社会保险法》第二十三条，职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。这意味着，用人单位有义务为员工缴纳社保，无论员工是否参加了其他医疗保险。
- 法律责任 ：
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如果用人单位未按时足额缴纳社会保险费，社会保险费征收机构会责令限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金；逾期仍不缴纳的，由有关行政部门处欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款。
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用人单位没有给劳动者缴纳社保的，劳动者可以要求用人单位为其补缴社保，如果用人单位不为其缴纳社保，劳动者可以向当地的社保部门进行投诉举报，要求用人单位为其补缴社保。
- 保险冲突 ：
- 农村合作医疗（新农合）和社会保险中的医疗保险是有冲突的，不能同时享受这两项待遇。用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。
- 合同无效 ：
- 用人单位与劳动者约定因劳动者已参加新农合，故不再为其缴纳社保的约定是无效的。即使劳动者个人参加了新农合，用人单位仍需为其缴纳社保，否则构成违法行为。
综上所述，用人单位应当为员工依法缴纳社会保险费用，包括基本医疗保险费。即使员工已经参加了新农合，用人单位仍需履行其法定义务，为员工缴纳社保。如果用人单位不为员工缴纳社保，员工可以向相关部门投诉或要求补缴，并有权要求用人单位承担相应的法律责任。