合作医疗保险和社保的区别主要体现在以下几个方面：
- 概念和参保对象 ：
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合作医疗保险 ：通常指农村合作医疗保险（新农合），现已与城镇居民医疗保险合并，统称为城乡居民医疗保险。它主要面向农民，只有农村户口才能办理。
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社保 ：包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，即五险。狭义的社保指城镇职工社会保险，广义的社保指全部社保制度。
- 缴费方式和费用 ：
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合作医疗保险 ：缴费相对便宜，一年缴费金额大约在两三百元左右，且需要根据年度自愿参加，交一年保费享受一年待遇。
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社保 ：缴费金额较合作医疗保险贵很多，最低缴费一年要千元以上，且具有一定强制性，企业必须为在职职工购买。
- 保障期限 ：
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合作医疗保险 ：交一年保一年，不累计缴费年限，不具备终身保障的特点。
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社保 ：其中的医疗保险要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。
- 报销比例和待遇 ：
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合作医疗保险 ：报销比例较低，主要用于报销农村居民看病就医产生的费用，包括门诊报销、住院补偿以及大病保险，但因基金筹措有限，保障力度相对较低。
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社保 ：包含五个险种，能在医疗、养老、生育、工伤等多方面提供帮助，且医疗保险的报销比例较高，具备“低水平，广覆盖”的特点。
- 法律依据 ：
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合作医疗保险 ：依据国家政策，以解决农民“因病致贫、因病返贫”为目标。
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社保 ：依据《社会保险法》，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
总结：
合作医疗保险和社保在参保对象、缴费方式、保障期限、报销比例和法律依据等方面存在明显差异。合作医疗保险主要针对农民，缴费较低，保障期限短，报销比例有限；而社保面向在职职工或城镇居民，缴费较高，保障期限长，报销比例较高，且包含更多险种，提供全面的保障。