新农合和农村合作医疗的区别主要体现在以下几个方面：
- 筹资方式 ：
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农村合作医疗 ：以往的合作医疗只是农民之间的互助共济，政府没有投入，资金来源单一，资金总量少，对农民大病补偿的能力较低。
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新型农村合作医疗 （新农合）：由个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的一种筹资机制，其中政府资助占了大头，解决大病的能力提高了。
- 管理层次 ：
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农村合作医疗 ：以村或乡镇为单位统筹管理。
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新型农村合作医疗 ：以县（市）为单位统筹管理。
- 保障范围 ：
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农村合作医疗 ：主要面向农民，只有农村户口才能办理，保障力度较低，且一般只能针对医疗保险进行报销，报销比例较少。
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新型农村合作医疗 ：纳入城乡居民医疗保险，面向所有居民，包括农村居民和城镇居民，保障范围更广，包括门诊报销、住院补偿以及大病保险。
- 缴费标准 ：
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农村合作医疗 ：缴费相对便宜，一年的缴费金额大概在两百元左右。
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新型农村合作医疗 ：缴费金额逐年上涨，目前一年约为400元，由个人和政府共同承担。
- 保障期限 ：
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农村合作医疗 ：交一年保一年，需要终身缴费来维持运营。
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新型农村合作医疗 ：参保人员完成缴费年限后可以终身享受医疗保险待遇。
- 报销比例 ：
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农村合作医疗 ：报销比例一般在50%-70%之间，异地报销可能更低。
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新型农村合作医疗 ：报销比例一般在70%-90%之间，且住院报销比例较高。
综上所述，新农合和农村合作医疗在筹资方式、管理层次、保障范围、缴费标准、保障期限和报销比例等方面存在明显差异。新农合通过多方筹资和政府资助，提高了对农民大病医疗的保障能力，并且已经与城镇居民医疗保险合并，统称为城乡居民医疗保险。