社保和合作医疗的区别主要体现在以下几个方面：
- 参保对象不同 ：
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社保 ：主要针对在职职工或城镇居民，是强制性的，企业必须为员工购买社保。
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合作医疗 （新农合）：主要针对农村户口居民，是自愿参加的。
- 保障期限不同 ：
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社保 ：医疗保险要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。
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合作医疗 ：交一年保一年，次年需重新缴费才能继续享受保障。
- 报销比例不同 ：
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社保 ：医疗保险的报销比例较高，且包含个人医保账户，可用于药店买药和住院治疗报销等。
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合作医疗 ：报销比例较低，且没有个人医保账户，主要在住院时才能报销。
- 个人医保账户不同 ：
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社保 ：医疗保险有个人医保账户，可用于支付部分医疗费用。
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合作医疗 ：没有个人医保账户，所有医疗费用需通过其他途径解决。
- 购房资格不同 ：
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社保 ：有些地方的法规规定，外地户口必须连续缴满一定期限的社保才有购买房产的资格。
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合作医疗 ：外地户口参加新农合没有影响。
- 缴费方式不同 ：
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社保 ：由职工和公司共同承担，具有强制性。
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合作医疗 ：个人承担为主，国家会给予一定的补贴，采取自愿参加的原则。
- 基金筹集与管理 ：
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社保 ：基金由多方筹资，包括企业和个人，保障力度较大，实行“低水平、广覆盖”。
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合作医疗 ：基金由个人缴费、集体扶持和政府资助相结合，保障力度相对较弱。
综上所述，社保和合作医疗在参保对象、保障期限、报销比例、个人医保账户、购房资格、缴费方式以及基金筹集与管理等方面存在显著差异。建议根据自身情况选择合适的保险类型，以确保获得充分的医疗保障。