职工医保和农村合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖对象 ：
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职工医保主要针对城镇的用人单位及其职工。
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农村合作医疗（新农合）则是为农村户口的居民提供的。
- 缴费主体和方式 ：
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职工医保的缴费由用人单位和职工共同承担，单位和个人一起交，按照工资的一定比例缴纳，每个月都需要交。
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农村合作医疗的资金来自个人、集体和政府的多方筹资，农民自己交几百块一年就行，政府还会给补贴一部分。
- 报销比例和范围 ：
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职工医保的报销比例较高，一般能报到80%甚至90%以上，特别是在小病住院时，报销更多。一些特殊治疗方法、进口药和高档医疗服务也可能被报销。
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农村合作医疗的报销比例相对较低，大概在50%到70%之间，且报销范围可能有限，一些特殊药物和治疗可能不在报销清单里。
- 报销限额 ：
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职工医保一年能报的钱较多，几十万甚至更高，因此生了大病时不用担心费用问题。
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农村合作医疗的报销限额较低，一般十几万元，严重病状可能无法得到足够报销。
- 就医方便性 ：
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职工医保通常拥有更完善的服务网络，包括各类大中型医院，就医较为方便。
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农村合作医疗则侧重于基层医疗卫生服务，如乡镇卫生院和村卫生室，去大城市的三甲大医院就医可能报销比例会降低。
- 管理机构 ：
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职工医保一般由社会保险行政部门管理。
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农村合作医疗保险可能由当地的卫生行政部门或者农村合作经济组织管理。
综上所述，职工医保和农村合作医疗在覆盖对象、缴费方式、报销比例、报销限额和就医方便性等方面都有明显的区别。职工医保的保障力度更大，适用于城镇职工，而农村合作医疗则主要服务于农村居民，缴费较低，报销比例也相对较低。建议根据个人所在地区和需求选择合适的医保类型。