农村合作医疗（新农合）重复缴费是可以退还的。具体退款流程如下：
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打开12366纳税服务应用。
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点击右上角的登录选项，登录成功后，选择自己的所在城市。
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再点击咨询选项。
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选择在线咨询进入。
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根据提示信息点击确定按钮。
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接通在线客服后，输入新农合重复交费如何退，点击发送图标。
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根据客服所回复的信息，准备相关资料去办税大厅办理退费即可。
根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，新型农村合作医疗的管理办法由国务院规定，且国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
建议：
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在出现重复缴费的情况下，建议及时联系当地医保局或通过12366纳税服务应用获取详细的退款指引。
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准备好相关证明材料，如缴费记录、身份证明等，以便在办税大厅办理退费手续。