社保和合作医疗（新农合）存在以下主要差异：
- 参保对象 ：
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合作医疗 ：主要针对农村户口居民，且必须以家庭为单位整户参加。
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社保 ：主要针对在职职工或城镇居民。
- 保障期限 ：
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合作医疗 ：交一年保一年，不保证终身保障。
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社保 ：医疗保险要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。
- 报销比例 ：
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合作医疗 ：报销比例较低。
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社保 ：医疗保险报销比例较高。
- 个人医保账户 ：
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合作医疗 ：没有个人医保账户。
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社保 ：医疗保险有个人医保账户。
- 缴费方式 ：
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合作医疗 ：农民自愿参加，一年一交费。
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社保 ：用人单位和职工共同缴纳，具有强制性。
- 保障内容 ：
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合作医疗 ：主要报销农村居民看病就医产生的费用，包含门诊报销、住院补偿以及大病保险，但保障力度较低。
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社保 ：包含养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，提供更为全面的保障。
- 购房资格 ：
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社保 ：有些地方的法规规定，外地户口必须连续缴满一定期限的社保才有购买房产的资格。
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合作医疗 ：对外地户口没有影响。
- 冲突性 ：
- 社保和合作医疗 ：存在一定的冲突性，当个人同时参保这两项保险时，在出险后只能选择其中一项进行报销。
综上所述，社保和合作医疗在参保对象、保障期限、报销比例、个人医保账户、缴费方式、保障内容以及购房资格等方面存在显著差异。建议根据自身情况选择合适的保险进行参保，避免重复参保带来的不必要的经济负担。