农村合作医疗与学生医保的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保人群不同 ：
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学生医保主要针对的是在校大学生、在校大中专学生、中小学生和幼儿。
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农村合作医疗（新农合）则是面向全体农村农民的，无论性别、年龄、职业，都可以户为单位自愿参加。
- 系统管理不同 ：
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学生医保一般属于社保系统管理，遵循社会保险的相关法律法规和政策规定。
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农村合作医疗则归属于卫生系统管理，与农村卫生服务体系和医疗资源配置相关。
- 筹资水平与报销比例不同 ：
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学生医保的筹资水平和报销比例通常按照学校所在地的相关规定来确定。
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农村合作医疗的筹资水平和报销比例则会根据不同地区和不同级别的医疗机构而有所变化。
- 报销方式不同 ：
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学生医保的报销费用会把赔付金转到学校账上，学生需要带身份证（学生证）到本校计财处领取保险金。
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农村合作医疗的参保者出院后，将相关资料缴本乡镇合管所，经审核后集中统一送交市农保业务管理中心进行报销。
- 费用不同 ：
- 各地区的学生医保和农村合作医疗缴费标准不同，个人缴纳和国家补助费用均不相同，用户要以具体地区的缴纳费用情况为准。
- 保障范围不同 ：
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学生医保的保障范围较广，包括基本医疗费用、住院费用、门诊费用等，且通常包括大病保险。
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农村合作医疗的保障范围主要限于农村基层医疗机构，保障程度有限。
- 管理方式不同 ：
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学生医保由学校的统一管理和社会保险部门的合作。
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农村合作医疗由当地的卫生部门和农村合作组织共同管理。
- 缴费标准与可持续性不同 ：
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农村合作医疗的缴费标准较低，但保障水平也相对较低，可持续性受到一定程度的影响。
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学生医保的缴费标准根据地区和学校差异而有所不同，但整体而言，其保障水平较高，且随着政策的不断完善，可持续性逐渐增强。
综上所述，学生医保和农村合作医疗在参保人群、系统管理、筹资与报销、费用、保障范围、管理方式以及缴费标准与可持续性等方面存在显著差异。选择哪种医疗保险制度，应根据个人所在地区、健康状况、经济能力等因素进行综合考虑。