不需要 。灵活就业人员已经缴纳了灵活就业社保后，不需要再单独缴纳农村合作医疗。灵活就业社保通常包括基本养老保险和基本医疗保险，其中基本医疗保险已经涵盖了农村居民的基本医疗保障需求。而新型农村合作医疗保险（新农合）主要是为农村居民提供的一种补充性医疗保险，与灵活就业社保中的基本医疗保险存在重叠，因此两者不能同时享受双重报销待遇。
具体来说，对于农业户口的灵活就业人员，可以选择参保职工医疗保险或新型农村合作医疗，但只能选择其一。如果已经参保了职工医疗保险，则不需要再参加新型农村合作医疗。同样地，对于非农业户口的灵活就业人员，如果已经参保了职工医疗保险，则不需要参加新型农村合作医疗。
此外，法律上也有明确规定，灵活就业人员如选择参加社会保险，将包括基本养老保险和基本医疗保险等，其中基本医疗保险用于保障参保人员在医疗方面的基本需求，而新型农村合作医疗保险的目的与基本医疗保险相似，旨在为农村居民提供医疗保障。因此，对于已经参加社会保险的灵活就业人员，农村合作医疗与基本医疗保险存在重叠，无需再额外缴纳农村合作医疗费用，以避免重复参保。
综上所述，交了灵活就业社保后，不需要再交农村合作医疗，以避免重复享受医疗保障待遇。