农村合作医疗的使用和报销流程如下：

1. 普通门诊报销 ：

• 参保患者凭有效证件和医疗卡在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销。

• 在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结账时也可直接刷卡报销。

2. 窗口报销 ：

• 对于在市外二级及以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，携带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿及经办人身份证，到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。

3. 特殊病种门诊报销 ：

• 参保患者若需特殊病种门诊报销，可持二级及以上定点医疗机构出具的病例及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料，以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请。经审核批准后，其门诊医药费用可列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位进行报销。

4. 意外伤害住院报销 ：

• 因意外伤害的住院患者，出院后需提交由户口所在村（居）签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明及医院的病案记录。若无法提供有效证明及记录，则不予受理。经新农合调查、审核后，若属实则予以报销。若责任由第三方负责，则不予报销。

5. 异地住院报销 ：

• 患者需在当前住院医院寻求副主任级别以上的医师开具转诊证明，并确保该证明上加盖有医院医务部的公章。

• 患者需携带此转诊证明前往当地社保局或医保管理部门，办理跨省就医的相关手续，并明确标注跨省就医的城市及医院名称。

• 在异地定点医院就诊期间，患者需自行垫付医疗费用。出院时，患者可直接在医院进行医疗费用报销，报销原则遵循多退少补。

6. 报销比例 ：

• 门诊治疗：村级卫生院最高可报销60%，镇级卫生院最高可报销40%，二级医院和三级医院的报销比例分别为30%和20%。

• 住院治疗：乡镇卫生院可报销60%，二级医院为40%，三级医院则为30%。

建议：

• 在进行报销前，建议咨询当地社保工作人员，确保资料齐全，避免缺少必要文件。

• 对于异地就医的患者，及时办理转诊手续，并按照要求提交相关证明材料，以确保顺利报销。