农村合作医疗门诊报销流程如下：
- 直接刷卡报销 ：
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参保患者凭有效证件（如身份证、医疗卡）在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可以直接刷卡报销。
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在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结账时也可直接刷卡报销。
- 窗口报销 ：
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对于在市外二级及以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，携带以下资料到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用：
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医疗费用原始发票
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住院医疗费用汇总明细清单
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出院小结
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门诊病历
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医疗卡
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患者身份证
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户口簿及经办人身份证。
- 特殊病种门诊报销 ：
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参保患者若需特殊病种门诊报销，可持以下资料向新农合业管中心提出申请：
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二级及以上定点医疗机构出具的病例及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料
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《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》
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经审核批准后，其门诊医药费用可列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位进行报销。
- 门诊费用报销程序 ：
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参加新农合的农民持合作医疗证和卡在乡、村两级定点医疗机构就诊时，由定点医疗机构直接减免门诊补偿费用，门诊医疗总费用减去门诊补偿费用剩余部分由参保农民现金结算。
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参保农民因患慢性病和重大疾病在省、市、区定点医疗机构门诊就诊时，所产生的医疗费用由参保农民的现金结算，经各乡镇合管办初审后上报至区合管办审核，审核后由户籍所在乡镇卫生院录入新农村合作医疗机构垫付资金，之后经区合管办审批后直接划拨到定点医疗机构新农合资金专户。
- 住院费用报销程序 ：
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参保农民在市内定点医疗机构住院治疗的，凭合作医疗证、卡和户口本预交一定额度的押金后，办理住院手续，出院时只结清自付部分，补偿部分由定点医疗机构垫付。
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到省级新农合定点医疗机构治疗的，需在相关医院开具转院证明。
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到省外公立新农合医疗机构就诊必须在省级定点医疗机构开具转院证明。
- 费用核算与兑付 ：
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县级定点医疗机构由合作医疗窗口初审核算人员受理医疗费用报销申请，对申请人提交的材料进行审查，具体核算补偿范围内的医药费用和补偿金额，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》，签署核算意见。
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乡镇定点医疗机构由乡镇卫生院合作医疗窗口初审核算人员受理医疗费用报销申请，对申请人提交的材料进行审查，具体核算补偿范围内的医药费用和补偿金额，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》，签署初审核算意见后，由复核人员或者乡镇专职审核员对初审项目和补偿金额进行审核，签署审核意见。
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费用兑付由县级以下定点医疗机构合作医疗窗口兑付人员根据审核意见，向申请人支付应当报销的医药费用，并由申请人或者其代理人在《新型农村合作医疗住院补偿表》上签字。
建议：
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参保患者应妥善保管好所有就医相关的发票、病历、费用清单等凭证，以便在报销时能够提供齐全的资料。
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对于特殊病种的报销，建议提前了解相关政策和所需资料，确保能够及时申请和获得报销。