城乡医保和合作医疗（新农合）的主要区别包括：
- 覆盖人群不同 ：
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城乡医保 ：整合了城镇居民医保和新农合，覆盖所有城乡居民，包括农村居民和城镇居民。
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新农合 ：仅覆盖具有农村户口的人群。
- 缴费方式不同 ：
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城乡医保 ：按月缴费，费用由单位和个人共同缴纳，灵活就业人员由个人全额承担。
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新农合 ：农民自愿参加，每年缴费一次，缴费标准各地有所不同，通常低于10元，具体标准由地方政府设定。
- 报销比例和待遇不同 ：
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城乡医保 ：报销比例较高，通常在50%左右，且统筹层次为地市级，可以在全市范围内选择定点医疗机构。
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新农合 ：报销比例较低，在三甲医院的报销比例大约只有30%左右，且统筹层次为县级，需要逐级转诊。
- 管理不同 ：
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城乡医保 ：由人社部门管理。
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新农合 ：多数地方由卫生部门管理。
- 基金池和账户管理不同 ：
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城乡医保 ：基金池累积较多，个人缴费部分和统筹缴费部分共同构成，可以在各个区域方便报销。
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新农合 ：基金池相对较少，个人缴费部分有限，且个人账户的资金只能在县区基层医疗机构使用，不能随时刷卡。
- 其他区别 ：
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覆盖项目 ：城镇职工医保包含医保、养老保险、失业保险、工伤保险和生育保险，而新农合只包含医疗保险。
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退休年龄和待遇 ：城镇职工医保在达到退休年龄并满足缴费年限要求后，可以终身享受免费医保待遇；新农合没有退休政策，需终身缴费。
综上所述，城乡医保和新农合在覆盖人群、缴费方式、报销比例、管理、基金池和账户管理等方面存在显著差异。建议根据自身户籍和需求选择合适的医疗保险类型。