城乡基本医疗保险和新农合的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象与范围 ：
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新农合 ：主要针对农村户口的居民，多数地方要求以家庭为单位整户参保。
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城乡居民医保 ：覆盖了更广泛的范围，包括城镇和农村户口的居民，是整合了新农合与城镇居民医疗保险后的制度。
- 报销比例与范围 ：
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新农合 ：报销比例在10%-80%不等，可报销的药品目录相对较少，在市级及以上医院的平均报销比例低于城乡居民医疗保险。在乡镇卫生院就医时，新农合报销比例较高，起付线较低。
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城乡居民医保 ：报销比例通常为85%（根据不同等级医院而定），报销药品范围更广，能够为参保居民提供更为充分的医疗保障。
- 保障内容与侧重点 ：
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新农合 ：主要侧重于保障农民在乡镇卫生院的医疗需求，门诊待遇水平相对较高。
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城乡居民医保 ：主要保障住院和门诊大病，兼顾普通门诊，因此其住院及门诊大病待遇要高于新农合。
- 管理部门 ：
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新农合 ：多数地方由卫生部门管理。
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城乡居民医保 ：主要由人社部门管理。
- 购买方式 ：
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新农合 ：由农村户口的居民购买，需以家庭为单位整户参保。
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城乡居民医保 ：所有城乡居民均可参加，个人和政府共同承担缴费。
- 统筹层次 ：
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新农合 ：通常为县级统筹，需要逐级转诊到更高级别的医院。
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城乡居民医保 ：统筹层次较高，通常为地市级统筹，可以在全市范围内选择定点医院。
综上所述，新农合和城乡居民医保在参保对象、报销比例与范围、保障内容与侧重点、管理部门、购买方式以及统筹层次等方面均存在显著差异。建议根据个人户籍和实际情况选择合适的医疗保险制度，以获得更为全面和充分的医疗保障。