医疗保险和合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖对象 ：
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医疗保险 ：主要覆盖城镇职工、居民以及灵活就业人员。城镇职工医疗保险是用人单位和个人共同缴纳，而居民医疗保险主要针对没有正式工作单位的城市居民。
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合作医疗 （新型农村合作医疗，简称新农合）：主要针对农村户口的人群，且必须以家庭为单位整户参加。
- 缴费主体和方式 ：
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医疗保险 ：由用人单位和职工共同缴纳，用人单位缴费率控制在职工工资总额的6%左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。
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合作医疗 ：由农民个人自愿参加，费用一般固定，且主要通过个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
- 费用 ：
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医疗保险 ：费用较高，具体标准根据当地政策和个人工资水平而定，每年缴费金额可以从几百到几万元不等。
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合作医疗 ：费用较低，通常每年缴费几百元人民币，具体金额根据地区经济条件有所差异。
- 待遇和报销比例 ：
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医疗保险 ：报销比例较高，政策范围内住院费用报销比例通常在70%以上，且覆盖范围广泛，包括门诊费用、住院费用和大病费用等。
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合作医疗 ：报销比例相对较低，不同级别的医疗机构补助费用不同，且药品目录有限，一些特殊药品和治疗手段可能无法报销。
- 管理和系统 ：
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医疗保险 ：属于社保系统管理，由人力资源和社会保障局负责。
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合作医疗 ：由卫生局业务管理。
- 其他差异 ：
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医疗保险 ：具有强制性，单位和个人必须依法参加。
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合作医疗 ：具有自愿性，农民可自愿选择是否参加。
综上所述，医疗保险和合作医疗在覆盖对象、缴费主体和方式、费用、待遇和报销比例、管理系统等方面均有显著差异。建议根据自身情况选择合适的医疗保障方式，以确保获得适当的医疗保障。