农村医保在城市报销比例低的原因主要有以下几点：
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医疗保险政策差异 ：农村医疗保险（新农合）和城乡居民基本医疗保险的报销范围和标准与城市医保存在较大差异。新农合的报销比例相对较低，这是由于政策设计本身导致的。
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医疗资源分配不均 ：城乡医疗资源分配不均衡，农村地区的医疗设施和专业技术水平相对较低，这也影响了农村医保的报销比例。
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农民就医观念因素 ：部分农民对医疗保险的认识不足，就医时往往选择自费而非报销。此外，一些农民认为农村医疗保险报销程序繁琐，降低了他们参保的积极性。
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筹资和缴费方式不同 ：农村医保的筹资方式和缴费金额与职工医保有很大不同，按照权责一致的原则，农民的医保报销比例自然比职工医保的报销比例低一些。
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地区经济发展差异 ：不同地区的经济发展情况不同，导致报销比例也有所差异。一般来说，城市医保的报销比例要高于农村医保。
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异地住院报销比例低 ：农村医保在异地城市住院的报销比例通常比在户籍所在地住院的报销比例低，这主要是因为异地城市医疗费用相对较高。
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报销目录较窄 ：农村医保的报销目录相对较窄，很多药品和检查项目都不在其中，例如一些进口药或新技术治疗项目无法报销。
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政策执行问题 ：虽然国家出台了一些倾斜政策，如大病保险起付线降低和报销比例提高，但这些政策在落实过程中存在不少问题，导致实际报销比例低于应有水平。
综上所述，农村医保在城市报销比例低的原因是多方面的，包括政策差异、资源分配不均、农民就医观念、筹资和缴费方式不同、地区经济发展差异、异地住院报销比例低、报销目录较窄以及政策执行问题。要提高农村医保在城市中的报销比例，需要从政策优化、资源均衡配置、提高农民参保意识、完善报销目录和加大政策执行力度等多方面入手。