农村合作医疗和职工医疗保险的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
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职工医疗保险 ：主要针对城镇的用人单位及其职工，包括企业、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位等。
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农村合作医疗 （新农合）：主要针对农村户口的居民，是农民自愿参加的医疗保险制度。
- 缴费主体 ：
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职工医疗保险 ：由用人单位和个人共同缴纳医疗保险费，个人缴费比例为2%，单位缴费比例为10%。
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农村合作医疗 ：由个人、集体和政府多方筹资，农民个人缴纳，政府给予一定补贴。
- 缴费方式 ：
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职工医疗保险 ：需要缴纳时间达到一定的年限（一般需要连续缴纳六个月），之后可享受报销待遇。
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农村合作医疗 ：农民需要每年办理参保缴费手续，缴费标准较低，通常一年几百元。
- 报销比例和范围 ：
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职工医疗保险 ：报销比例较高，一般可达70%-90%，覆盖门诊、住院和购药等医疗费用，特殊治疗方法和进口药也可能在报销范围内。
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农村合作医疗 ：报销比例相对较低，一般在50%-70%之间，特殊治疗方法和进口药通常不在报销范围内。
- 报销限额 ：
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职工医疗保险 ：年度报销限额较高，一般可达几十万甚至更高，减轻了患者家庭的经济负担。
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农村合作医疗 ：年度报销限额较低，一般为十几万元，对于特别严重的疾病可能无法覆盖全部费用。
- 就医方便性 ：
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职工医疗保险 ：通常拥有更完善的服务网络，包括各类大中型医院，就医更为方便。
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农村合作医疗 ：侧重于基层医疗卫生服务，如乡镇卫生院和村卫生室，到大城市的医院就医报销比例会降低。
- 管理机构 ：
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职工医疗保险 ：一般由社会保险行政部门管理。
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农村合作医疗 ：可能由当地的卫生行政部门或者农村合作经济组织管理。
综上所述，职工医疗保险和农村合作医疗在参保对象、缴费主体、缴费方式、报销比例和范围、报销限额以及就医方便性等方面存在明显差异。职工医疗保险覆盖范围广、报销比例高、服务网络完善，但缴费较高且需满足一定缴费年限；而农村合作医疗主要针对农村居民，缴费较低且政府提供补贴，但报销比例和服务范围相对有限。建议根据个人实际情况和需求选择合适的医疗保险制度。