合作医疗（新农合）和职工医保在多个方面存在显著差异：
- 缴费标准 ：
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职工医保 ：由单位和个人共同缴纳，按照工资的一定比例，每月缴纳，费用相对较高。
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合作医疗 ：农民个人缴纳几百元一年，政府提供部分补贴，缴费金额相对较低。
- 报销范围 ：
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职工医保 ：覆盖门诊、住院费用及一些特殊治疗方法和进口药，报销比例较高，可达80%至90%。
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合作医疗 ：主要报销住院医疗费用，部分特殊药物和治疗可能不在报销范围内，报销比例相对较低，约为50%至70%。
- 参保对象 ：
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职工医保 ：面向城镇所有用人单位及其职工，无特定户口要求。
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合作医疗 ：仅限农村户口的居民参加。
- 保险期限 ：
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职工医保 ：累计交满25年可享受终身医保待遇。
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合作医疗 ：每年交一次，保险期限仅为一年，若中断则失去保障。
- 报销限额 ：
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职工医保 ：一年报销金额可达几十万甚至更高，无明确上限。
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合作医疗 ：一般报销限额为十几万元，具体限额因地区而异。
- 就医便捷性 ：
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职工医保 ：在定点医院的报销比例和范围较广，就医相对便捷。
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合作医疗 ：在乡镇卫生院的报销比例较高，但在城市大医院的报销比例会降低。
综上所述，职工医保和合作医疗在缴费、报销范围、参保对象、保险期限、报销限额和就医便捷性等方面存在明显差异。职工医保更适合城镇职工，提供全面的医疗保障和高比例的报销；而合作医疗则主要服务于农村居民，缴费较低，报销比例也相对较低。建议根据个人实际情况和需求选择合适的医保类型。