农村合作医疗在省会城市的报销流程和比例如下：

1. 医院级别与报销比例 ：

• 在省会的一级医院住院，超过起付线后报销比例是80%。

• 在省会的二级医院住院，报销比例是70%。

• 在省会的三级医院住院，报销比例是60%。

2. 连续参保的优惠 ：

• 如果连续参保，从参保后第二年开始，每增加一年，报销比例增加1%，最多不超过10%。

3. 报销流程 ：

• 住院期间 ：

1. 携带身份证、医保卡、住院通知单、住院押金条收据、主治医师开具的诊断证明书等相关材料。

2. 在办理住院手续时，需要先垫付费用，并保留好所有开销明细、报销范围、报销金额等相关内容。

• 出院时 ：

1. 携带上述材料到医院的医保窗口办理出院手续，并直接进行报销。

2. 工作人员会提供出院通知单，包含各种开销明细、报销范围、报销金额等内容。

3. 异地报销 ：

• 如果是在省外住院治疗，需要先到当地乡镇卫生院去报备，并开具转院证明。

• 参保农民在省外公立新农合医疗机构就诊必须在省级定点医疗机构开具转院证明。

• 出院后，将诊断证明、出院证明、发票、费用清单、病理复印件等材料提供给户籍所在乡镇合管办，并在规定时间内办理报销手续。

5. 其他注意事项 ：

• 如果未办理转诊或未备案，报销可能会比较困难，建议提前咨询当地医保中心或医院。

• 报销费用会直接结算，参保人只需支付个人自付部分。

建议：

• 在住院前，最好先了解当地的医保政策和报销流程，以便更好地准备相关材料。

• 如果在外地就医，及时办理转诊备案手续，以确保能够顺利报销。